Imro Filaković bio je još za vrijeme rata aktivan u JNOF-u. Bio je izabran za člana IO-a HRSS-a, a kao jedan od trinaestorice ha(er)esesovaca ušao je u prošireni AVNOJ. Na izborima za Ustavotvornu skupštinu bio je izabran za zastupnika kotara Valpovo-Miholjac.
Za razliku od ostalih članova IO-a HRSS-a, Filaković nije bio „kooperativan“, nego je optužio IO HRSS-a da je komunistički. U ožujku 1946. zahtijevao je da se HRSS organizira kao posebna stranka, naglašavajući da njegov oslonac mora biti „kršćanski moral“, da je „dosta revolucije“ i da treba prijeći „na evolutivni razvitak“.
Povezao se i sa skupinom haesesovaca oko Šubašića i Šuteja, napose u vezi s idejom o stvaranju Seljačkoga bloka u Narodnoj skupštini FNRJ-a (NS FNRJ). Kao zastupnik NS-a FNRJ-a u srpnju 1946. kritizirao je stanje i komunistički monopol u upravi upozoravajući da sve važnije funkcije obavljaju članovi KPJ-a iako je NF sastavljen od više partija.
Razotkrio je organizirani prodor komunista u HRSS-u i to uz pomoć njegovih vođa, tvrdeći da nema govora o autonomnosti HRSS-a jer njegovi predsjednik i potpredsjednik govore kako član IO-a HRSS-a može biti i član KPJ-a.
Odlučne odgovore na Filakovićeve otvorene napade na monopol KPJ-a nije trebalo dugo čekati. Na sjednici NS-a FNRJ-a 1946. optužili su ga da je bio ustaški tabornik, što je Filaković odlučno opovrgao naglasivši da je „jedanput žrtvovao svoj život u narodno-oslobodilačkomu pokretu i ako je potrebno žrtvovat ću ga još jedanput". Vjesnik je 7. kolovoza 1946. objavio da je Filaković bio "učenik Širokoga Brijega" u kojemu su se „školovali krvnici hrvatskoga naroda“. Predsjedništvo IO-a HRSS-a u srpnju 1946. isključilo ga je iz HRSS-a pod optužbom da unosi razdor u redove stranke, raspiruje šovinizam između Hrvata i Srba te da razbija slogu radnika i seljaka.
Na 3. redovnom zasjedanju NS-a FNRJ-a u ožujku 1947. godine prosvjedovao je zbog visine proračuna i formiranja "škara cijena" na teret seljaka. Smatrao je da je proračun previsok naglasivši da je Jugoslavija " federativna narodna republika“, da ima „šest narodnih država sa svim suverenim pravima“ i da bi „proračuni narodnih država“ trebali biti „veći u odnosu na općedržavni proračun".
Unatoč žestokim reakcijama zastupnika NS-a FNRJ-a i optužbi da je plaćen od "strane i domaće reakcije", usprotivio se pretjeranim izdatcima za industriju i elektrifikaciju, zahtijevajući da se više daje za obnovu zemlje i poljoprivredu. Prosvjedovao je protiv nasilja u razdoblju otkupa, noćnih privođenja na saslušanja kao i protiv prakse da se oporbena mišljenja napadaju kao protunarodna. Pojmovi „vlada“ i „narod“, rekao je, ne mogu se poistovjećivati.
Na sjednici NS-a FNRJ-a 29. rujna 1948. prosvjedovao je protiv nacrta zakona o amnestiji, smatrajući da zadnji rok amnestije ne smije biti 1. siječnja 1945, nego dan „oslobođenja cjelokupne zemlje“. Time bi se ostvarila ravnopravnost svih republika i naroda.
Posljednji javni govor Filaković je održao na kraju mandata NS-a FNRJ-a 21. siječnja 1950, kada se usprotivio ponovnomu uvođenju kutije bez liste rekavši da taj prijedlog odudara od „demokratičnosti zakona“. I ovoga puta zastupnici iz skupštinskih klupa prijetili su mu uzvicima da „ovo nije ustaška država“. Međutim Filaković im je odgovorio da se bolja budućnost može očekivati samo „u vrtu koji se zove sloboda“.